Markasyt fizycznie i krystalograficznie różni się od pirytu. Krystalizuje w układzie rombowym, a jego kryształy maja kształt płaskich płytek lub piramid. 

Markasyt jest jaśniejszy od pirytu, na świeżych powierzchniach jest srebrzysto biały lub jasnożółty, ma metaliczny połysk. Szybko pod wpływem powietrza matowieje na kolor żółtawy lub brązowawy i daje czarną smugę. Twardość markasytu, podobnie jak pirytu wynosi 6-6,5 w ska­li Mohsa. Jest bardziej kruchy niż piryt. Pod wpływem uderzenia piryt pęka wzdłuż nie­regularnych linii, nie tworząc gładkich krawędzi, markasyt z kolei ma wyraźny, chociaż nierówny przełam. Podobnie jak piryt ulega rozkładowi pod wpływem wody i powietrza. 

Rzadszy od pirytu, w Polsce występuje w regionie śląsko-krakowskim,  w Turoszowa (kopalnie węgla brunatnego), w Nowej Słupi, w Pomorzanach k. Olkusza, w kopalniach rudy miedzi k. Lubina, kopalnia węgla Bogdanka, poza tym Rudki, Kowala, Wolin. Najczęściej w utworach osadowych np. wapieniach, marglach, skałach ilastych w także w pokładach węgla w postaci konkrecji.